城市交通学院交通运输工程学科始于1979年，分别于1981和1996年获得全国首批交通运输规划与管理硕士和博士学位授予权，1994年获批北京市重点学科，2000-2017年为教育部交通工程教学指导分委员会主任单位。2013年，北京工业大学与北京市交通委员会签订战略协议，共建城市交通学院。2017年入选北京工业大学国家一流学科群核心学科，2019年交通工程专业入选首批国家级一流本科专业，2022年交通设备与控制工程专业入选国家级一流本科专业，2023年获批交通强国建设试点单位。

学院下设交通工程、道路与轨道工程和智能交通3个系和1个交通科技创新中心，现有专任教师66人，其中正高级职称7人，副高级职称33人，中级职称26人。学院现有16个本科实验班，本科在校生400人，硕士生300人，博士生70人。学院围绕城市综合交通规划与管理、交通信息工程及控制、交通基础设施建设与运维、交通安全与节能减排等方向，形成了解决以北京为代表的城市智能、高效、安全、节能等交通问题的鲜明特色。

学院坚持政产学研用结合的办学理念，牵头建设交通工程北京市重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地、北京城市交通协同创新中心、北京市城市交通运行保障工程技术研究中心、城市公共交通智能化交通运输行业重点实验室、交通运输部城市交通协同运行及超算协同创新平台等高水平科研基地，全方位支撑北京、京津冀乃至全国交通行业科技进步。